Beneficjentami Programu Pomoc Techniczna 2007-2013 były następujące instytucje systemu wdrażania Narodowej Strategii Spójności:
- Instytucja Koordynująca NSRO w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Instytucja Strategiczna w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Instytucja Zarządzająca Podstawami Wsparcia Wspólnoty w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Krajowa Jednostka Oceny w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Instytucja Koordynująca Regionalne Programy Operacyjne w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Instytucje Zarządzające poszczególnymi programami operacyjnymi wdrażanymi centralnie, departamenty w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Instytucje Pośredniczące w administracji rządowej,
- Instytucje Wdrażające (Pośredniczące II stopnia) w administracji rządowej,
- Instytucja Certyfikująca, departament w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Instytucje Pośredniczące w certyfikacji i Kontrolerzy I stopnia w programach Europejskiej Współpracy Terytorialnej w Urzędach Wojewódzkich,
- Instytucja Audytowa w Ministerstwie Finansów,
- Urzędy Kontroli Skarbowej,
- Jednostka odpowiedzialna za otrzymywanie i przekazywanie płatności w Ministerstwie Finansów,
- Operator krajowego systemu informatycznego wspomagającego realizację NSRO/PWW w Ministerstwie Finansów,
- Jednostki w Ministerstwie Finansów i Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju odpowiedzialne za wsparcie jednostek realizujących NSRO,
- Jednostka odpowiedzialna za weryfikację zasady dodatkowości w Ministerstwie Finansów,
- Instytucja Zarządzająca/Instytucja Krajowa dla programów Celu Europejska Współpraca Terytorialna w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Jednostka odpowiedzialna za promocję i informację NSRO w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Instytucja Zarządzająca Programem Operacyjnym Pomoc Techniczna w Ministerstwie Infrastruktury i Rozwoju,
- Organy administracji rządowej zajmujące się zagadnieniami obszarów Natura 2000 oraz ocen oddziaływania na środowisko,
- Urząd Zamówień Publicznych
- Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów
- Narodowe Centrum Badań i Rozwoju,
- Ośrodek Rozwoju Edukacji,
- Główny Urząd Statystyczny,
- Urząd Komunikacji Elektronicznej,
- Urząd Transportu Kolejowego,
- Urząd Regulacji Energetyki,
- Krajowy Zarząd Gospodarki Wodnej,
- Główny Urząd Geodezji i Kartografii,
- Główny Inspektorat Ochrony Środowiska,
- Władza Wdrażająca Programy Europejskie,
- Polska Agencja Rozwoju Przesiębiorczości,
- Ośrodek Przetwarzania Informacji,
- Centrum Rozwoju Zasobów Ludzkich,
- Centrum Projektów Europejskich,
- Centrum Systemów Informacyjnych Ochrony Zdrowia.